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법계 명성 스님은 1995년 대교과 졸업생을 대상으로 隨意科를 개설하여 율장과 법화경, 유마경 및 구사론과 유식공부를 시작한다. 개혁종단 이후 1996년, 조계종에서는 전문교수인력을 육성하기 위한 최고 교육기관으로 ‘宗立銀海寺僧伽大學院’을 개설하면서, 1997년 운문사에 비구니를 대상으로 한 ‘大韓佛敎曹溪宗雲門僧伽大學院’을 개설한다. 이후 승가교육진흥안에 따라 2010년 11월, 교육원의 교과과정 개편과 승가대학원 개설 방안에 따라 ‘雲門寺漢文佛典大學院’으로 인가를 받아 오늘에 이른다.

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• 1997년비구니 강사를 양성하는 전문교육기관인 운문승가대학원 개원.
  대학원장 법계명성스님 취임.
• 1999년제1회 2명 영담, 영덕
• 2000년제2회 4명 대원, 은광, 민성, 정행
• 2001년제3회 2명 현광, 운산
• 2002년제4회 2명 경훈, 법수
• 2003년제5회 3명 지묵, 법장, 성소
• 2004년제6회 1명 경문
• 2005년제7회 1명 명법
• 2006년제8회 1명 지성
• 2007년제9회 2명 원묘, 지은
  총 졸업생 18명
• 2008년1월 교육원의 인가를 받아 4월에 보현율원 개원식 및 현판식
  율주 흥륜스님, 율원장 진광스님 취임.
• 2010년제1회 6명 운광, 현광, 천월, 지응, 지공, 성원
• 2011년제2회 3명 원법, 도융, 지성
• 2012년제3회 2명 일원, 일혜
  총 졸업생 11명
• 2010년11월 대한 불교 조계종 교육원의 교과과정 개편과 승가대학원 개설에 따라 ‘운문사한문불전대학원’으로 인가.
• 2011년한문불전대학원 개원
  대학원장 명성스님 취임, 강사진은 명성, 흥륜, 일진, 진광스님.
  외래강사 덕민스님·용학스님·혜남스님 등.
• 2013년제1회 6명 해원, 일광, 도융, 세광, 성민, 진관
• 2014년제2회 5명 무애, 현주, 일원, 경인, 지호
• 2015년제3회 4명 법안, 동환, 정원, 법기
• 2016년제4회 6명 혜능, 능행, 소모, 동석, 명현, 보경,
• 2017년제5회 7명 성묵, 서림, 동우, 금룡, 범수, 경호, 명과
  현재 총 졸업생 22명